Indem der Gesetzgeber bei der Festlegung des Steuersubjekts in erster Linie auf die autonome DS abstellt, trägt er dem Umstand Rechnung, dass Gemeinwesen in der Regel komplexe Gebilde sind. Die autonomen Bereiche des Gemeinwesens werden auch dann subjektiv steuerpflichtig, wenn sie rechtlich nicht selbstständig sind.

Was eine autonome DS ist, wird im Gesetz nicht weiter umschrieben. Die Unterteilung eines Gemeinwesens in Dienststellen richtet sich nach der Gliederung des finanziellen Rechnungswesens (Finanzbuchhaltung), soweit dieses den organisatorischen und funktionalen Aufgaben des Gemeinwesens entspricht (Art. 12 MWSTV). Dabei kann auf die funktionale, die institutionelle oder eine andere Gliederung abgestellt werden.

Eine mehrwertsteuerrechtliche Aufteilung von autonomen DS ist nicht möglich. So können beispielsweise rechtlich unselbstständige Heime, Spitäler, Universitäten usw. nicht weiter unterteilt werden.

Bei Aufteilung einer Funktion (z. B. Abwasser) in zwei Kostenstellen (z. B. Abwasserleitungen und Kläranlage) werden diese Kostenstellen in Bezug auf die MWST als eine einzige autonome DS und damit als ein Steuersubjekt behandelt. Eine Aufteilung ist nur möglich, wenn für diese Kostenstellen getrennte Gebühren erhoben werden oder wenn andere Gemeinwesen an der Kläranlage angeschlossen sind.

Diesem Grundsatz ist auch Rechnung zu tragen, wenn die Gliederung der Rechnung eines Gemeinwesens nach Produkten erfolgt (New Public Management [NPM], Wirkungsorientierte Verwaltungsführung [WoV] oder Führen mit Leistungsauftrag und Globalbudget [FLAG]).