Bei Transportunternehmungen des öffentlichen Verkehrs gelten alle Beiträge, die vom Bund, von den Kantonen oder den Gemeinden aufgrund eines Leistungsauftrages ausgerichtet oder zur Deckung von Defiziten verwendet werden (z.B. Abgeltungen oder Finanzhilfen), als Subventionen oder andere öffentlich-rechtliche Beiträge. Es handelt sich dabei um Beiträge zur Entschädigung von ungedeckten Kosten der verschiedenen, von der öffentlichen Hand bestellten Verkehrsangebote.

Subventionen und andere öffentlich-rechtliche Beiträge können auch aus Vorzugskonditionen (teilweiser oder vollständiger Zinserlass) bei der Gewährung von Darlehen bestehen ( Ziff. 3.1.2).

Subventionen und andere öffentlich-rechtliche Beiträge gelten mangels Leistung nicht als Entgelt und führen zu einer Kürzung des Vorsteuerabzuges (Art. 18 Abs. 2 Bst. a i.V.m. Art. 33 Abs. 2 MWSTG). Für eine sachgerechte Vorsteuerkürzung ist zwischen Investitions- und Betriebsbeiträgen zu unterscheiden.

Nicht um Subventionen oder andere öffentlich-rechtliche Beiträge, sondern um steuerbares Entgelt handelt es sich jedoch, wenn die von der Transportunternehmung des öffentlichen Verkehrs erbrachte Leistung aufgrund eines Auftrags (Art. 394 OR) erfolgt.

Beispiel
Eine Schulgemeinde erteilt einer Transportunternehmung des öffentlichen Verkehrs den Auftrag (Art. 394 OR), den Schulbus zu führen und entschädigt diese mit einer Tagespauschalen. Hierbei handelt es sich um ein Leistungsverhältnis, das beim Leistungserbringer zum Normalsatz steuerbar ist.