Hat der Leistungserbringer die Lieferung oder Dienstleistung versteuert und die MWST offen ausgewiesen, kann er nachträglich keine Steuerbefreiung mehr geltend machen. Die Rechnung kann nicht korrigiert werden, wenn das amtliche Formular nicht vor dem Bezug der Leistung ausgehändigt wurde (Art. 145 Abs. 1 und 2 MWSTV). Der institutionelle Begünstigte oder die begünstigte Person verfügt als Leistungsempfängerin in begründeten Fällen über die Möglichkeit, die ESTV um Rückerstattung der MWST zu ersuchen.

Die Beurteilung von Streitigkeiten über die Überwälzung (Fakturierung) der MWST durch den steuerpflichtigen Leistungserbringer an den institutionellen Begünstigen oder an die begünstigte Person fällt auch im Falle der rechtzeitigen Übergabe einer gültigen Bescheinigung nicht in die Zuständigkeit der ESTV, sondern in der Regel in jene der Zivilgerichte (Art. 6 MWSTG).